养猪废水含有高浓度的有机物、悬浮物、氨氮等污染物，其水质和水量受到生产工艺季节及产品因素的影响较大，因此须选择耐冲击负荷强的工艺。其废水属于可生化性一般的废水，常采用生物处理方法，该方法的运行费用较低，处理效果稳定，其主要原理是利用生物系统中的微生物（包括菌体原生动物和后生动物）的代谢及吸附作用，降解废水中的有机以及无机污染物质。
在工艺选择阶段，综合比较了厌氧法、水解酸化法、生物接触氧化法和普通活性污泥法各自的优缺点，充分考虑了生物固体截留能力以及水力混合条件等综合因素，采用了第三代厌氧反应器ABR 为主体的生化工艺，联合缺氧/好氧工艺来处理养猪场废水。

养猪废水处理常用的药剂有：生物菌种、聚合氯化铝、聚丙烯酰胺这三种，可以根据每天的水处理量来制定合适型号的药剂。